中央黨史和文獻研究院設下列14個內設機構、4個直屬單位。
一、辦公廳
二、第一研究部
三、第二研究部
四、第三研究部
五、第四研究部
六、第五研究部
七、第六研究部
八、第七研究部
九、科研規劃部
十、對外合作交流局
十一、信息資料館
十二、人事局
十三、機關黨委
十四、離退休干部局
中央黨史和文獻研究院機關服務中心
中央文獻出版社
中共黨史出版社
中央編譯出版社
